Con VLC y con Quicktime puedes, tan solo descarga los subtitulos (normalmente un archivo srt) y renómbralo, ambos archivos deben llamarse igual, por ejemplo:
pelicula.avi - pelicula.srt
Además, con quicktime PRO, si le das a la opción "Guardar como" te guarda el archivo con los subtítulos incorporados, sin software adicional.
Espero te sirva....