Holitas, si no me equivoco el autor de esta aplicación tiene Stanza Desktop y cuando abres un libro con el PC/ Mac, marcas la opcion Herramientas\Enable Sharing, y cuando arrancas el Stanza en el Iphone con wifi activado, vas a la seccion de Shared Books en el iphone, y te los descargas.
Creo que este sería el soft adecuado para tener los marcadores