Hola Amigo, quizá un poco tarde pues lo escribiste en el 2008, pero te puedo recomendar una forma de borrar los contactos de tu iPhone.
La idea es que tengas algún equipo Mac, y desde la agenda de contactos elimina los que no utilices.. ya que esta agenda se sincroniza con iTunes, que a su vez, sincroniza los contactos con tu dispositivo Iphone. Asi, cuando cuando iTunes haga la el back up a tu teléfono....eliminara los contactos no deseados.... Seria de pensar que los contactos que tienes en tu Mac, son los los contactos que "quieres" en tu iPhone.
Yo pase por lo mismo que tu, y esa fue la forma mas sencilla para mi en lograr eliminar los contactos que no quería en mi teléfono.
Notese: estoy hablando de una situación en la que deseo borrar MUCHOS contactos, pues si se trata de pocos contactos..... se puede hacer directamente desde el iphone.
Saludos....